Sequences from confirmation amplicon


Confirmation sequences for line SALK_035775c and hit At5g48950 are shown.
Line ID SALK_035775c
Locus At5g48950 [Araport] [TAIR] [MIPS] [SIGnAL]
Deduced position of insertion Chr5:19845957
Primers used for PCR 25md - LBb3, show primer details
   
Sequence Name 01-K114130-SALK_035775C-R210
GenBank Accession LN484286 [GenBank]
Sequencing primer T-DNA primer, R210: 5'-CCCAGTACATTAAAAACGTCCGC-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>01-K114130-SALK_035775C-R210
TTTGTTTACCCCAATGTGAGCAATGTGATAGAATTTGAAATTTTAATTCAATATATGATA
TCAAAATCATTTAAATTTATTTTTAATTCTTGTTATCTTACTTATGTTGTTTGAACTAAC
TAGAGGGTTAGACAATATATGATATAGAGTATGATTTTTTTTTTAGAATCGGCATATTAC
ATATTGTTGACAAAACAGAAACAAAAAAATAATCAAAATAAATTATTTATCTCTCATTTA
ATTGAAAAATCTTTTAAATTGTATTGGTATGGCAGATATAAATAAATTTCTATGAGTATA
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GTACTATAACTTACGAATGATTATCCATATTATAGATGGTTCAATATCGAAACATATTTG
AATATATTTTTATTCATATCAAAATACATATATCTAATGATGTACTAATTATTATTAATA
ATGATATCATTAGATTTGAAAGAATCTTGAGATTTGAAATTAGGTTTACAGCAACAAGCA
   
Sequence Name 11-K114131-SALK_035775C-25md
GenBank Accession LN484588 [GenBank]
Sequencing primer gene specific primer, 25md: 5'-GGTGCTTGTTGCTGTAAACCTAAT-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>11-K114131-SALK_035775C-25md
ATATCATTATTAATAATAATTAGTACATCATTAGATATATGTATTTTGATATGAATAAAA
ATATATTCAAATATGTTTCGATATTGAACCATCTATAATATGGATAATCATTCGTAAGTT
ATAGTACGATCCAAACATTTGATCGTATATATTAATAAAGCATACGAATGCTGAAATTTA
TGTTAACTATACTCATAGAAATTTATTTATATCTGCCATACCAATACAATTTAAAAGATT
TTTCAATTAAATGAGAGATAAATAATTTATTTTGATTATTTTTTTGTTTCTGTTTTGTCA
ACAATATGTAATATGCCGATTCTAAAAAAAAAATCATACTCTATATCATATATTGTCTAA
CCCTCTAGTTAGTTCAAACAACATAAGTAAGATAACAAGAATTAAAAATAAATTTAAATG
ATTTTGATATCATATATTGAATTAAAATTTCAAATTCTATCACATTGCTCACATTGTGGT
GTAAACAAATTGACGCTTAGACAACTTAATAACACATTGCGGACGTTTTTAATGTACTGG
GGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGATTGCCCTTCACCGCCTGGCC
CTGAGAGAGTTGCAGCAAGCGGTCCACGCTGGTTTGCCCCAGCAGGCGAAAATCCTGTTT
GATGGTGGTTCC
Primers used for PCR 58xh - LBb3, show primer details
   
Sequence Name 24-K119050-SALK_035775C-58xh
GenBank Accession LN484991 [GenBank]
Sequencing primer gene specific primer, 58xh: 5'-TGGTTTAGTCCAATGCATGCTAAC-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>24-K119050-SALK_035775C-58xh
CTTTTGCTTGCCGGAAATTTATCAATTCAAACTCACAAGTCTATCAAATACATGAAAAAG
TTTTCCAATTTTCATTTTAGGTGAAATTAATAAGGTTCACAATTTAAATATGGTATTGCA
TATATTAGTTTTCTTACTTTTCACACGATATTGCATCAAAACAAATTTCATTTTTTAAAA
ATCACCTGGTTATAAAACATAACTTGTCACTTTTACTTACTAATACGTGAAAATTTATCT
TATGTTATCTCTCAAATTGCAGAATTATATTTAACTTCTTCAACAAAATATTAATTTTTT
TTTTTACATTTAAAAAAAATTTATTTTTACATTACTTTGACACAATATTAAAATTTAATA
TTACTAAAAACTTTTCTAGTTAATATAATTTTATATACATTAAAGTCTAAAGATAGCTGC
GTATATATGTGTATTGGTCAGTGTTATGTATAGGTTACCTGAATATTTTTGCCGACTGAA
ACTGGAAAAAATTCGGCAAAAACAATTTCCCCAAAAGCACCAGGACGGAGGTGGTGAATA
AAAAGATGGATTCCAGCGACGCGTTTAAAACCAAAGGCAATTCCGGCGCCAAGACTGGCG
AGTGCCTCAGCGATCAAAGCCAATACGCCGCCGTGCAAAACTTTGAACGGCTGGCAACAT
TTTTCATTTAGGGTGAGGTGGCCGGAGACTCTGGTGGCGGAGAGCTCATCGAATACAAAT
CCTAAGATTTTAAGCGGCTGATCAATGA
   
Sequence Name 08-K119049-SALK_035775C-R210
GenBank Accession LN484508 [GenBank]
Sequencing primer T-DNA primer, R210: 5'-CCCAGTACATTAAAAACGTCCGC-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>08-K119049-SALK_035775C-R210
TAATTAACACATCCAAATGCCGAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTACCCCCCCCAAAATTGG
CCCCAAATCGAACAAAGGGCCCGGAAGAGTTTTTTGGCCAAAAAGCCCTTTAGGCCCAAA
AAACCCCTTCTTCCCTTTGGTTTAAGGACCCCACCCCTTTGGAGGCAAACAAATCAAAGG
TACCCGAAAAAAAAAAAAAGGGGGGTGGGCCCGCGGTTAAACCCCAAAAAAGGGGCCCCA
AACCCCGGGGATTTTTTTTGGGCCCCCCCCTTAAAATCTTGGGGTTTGGTTTCGAGGGGC
CCCCCCCCCCAAAAGTTCCGGGGCCCCCCCCCCAAAAGGAAAAAGGGGGCCCCCCTTTAA
AAATTTTGGGGGGGGGGGTTTGGGCCTTAAACGGGGGGGGCCCCCCCCTTTCGGGGGCCG
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GGGGAAAAAAAAGGGAAAAAAAAATTTTTTTTAAAGGGAAAAAAAAAAA

Last Updated on 06.12.2018 16:11