Sequences from confirmation amplicon


Confirmation sequences for line 655A05 and hit At1g02205 are shown.
Line ID 655A05
Locus At1g02205 [Araport] [TAIR] [MIPS] [SIGnAL]
Deduced position of insertion Chr1:422083
Primers used for PCR KR06 - 8474, show primer details
   
Sequence Name 30-K030601-022-655-A05C-8409
GenBank Accession LN499601 [GenBank]
Sequencing primer T-DNA primer, 8409: 5'-ATATTGACCATCATACTCATTGC-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>30-K030601-022-655-A05C-8409
GCCACTTCTAGTTTGCACTTCATCGCCTTTTCTCGGTAACCAGTTCCGCAGAAGTTTTTT
TTATAATAAGGACCTCTTCTAATAAATTAGTTGGATTGGGTAGCTTTGAATGCTTACCTC
ACAGGAGTGGACATTCACCAGAGATTTTGGAAACTATCAATGCTGGTGTGGTATGATAGA
TACAATCTCTACGTAACTGCTTGAGGGGGAACTGTGAGAAGGTAAAACATGTCCCTTTGT
GGCTTTTCCGCTCTTCTCTGTGTCCTCTCCACCACCTACCTTCCCAAATCCTTCATAGTT
TCTTATATAGCTCTTGAATATTTTCCTTCTGATTCTTTGATAAATTGTGCTTCTTTTGTA
TAC
   
Sequence Name 69-K030601-022-655-A05C-KR06
GenBank Accession LN512119 [GenBank]
Sequencing primer gene specific primer, KR06: 5'-CTTTGTTTTCCTTTTGCTCCTATG-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>69-K030601-022-655-A05C-KR06
AAAAAAATCCAAGCTTTATCTACATGTATTTATGCTCATGACTCGTAACATTTTCATGTG
AATGTCATCCGCAGGTCTCCACTCTGCGCCTAGACGAGTATGAGAAAATAAGATCATGCG
TTCCACAAGAATGCAGAGACCATTTGGTCTATTTAACCTCTGAAGCACTCTCATCAAACA
AGGTAATTCAGTATACAAAAGAAGCACAATTAATCAAAGAATCAGAAGGAAAATATTCAA
AGAGCTTATATAAAGAAAACTAATGAAGGGATTTTGGGTGAAGGTATGGCTGGTGGGAGA
AGGAACAACAAGAGAAGAGCAGGAAAAAGCCACAAAAGGGACATTGTTTATACCATTCTC
ACAGTTCCCCCTCAAGCAGTTACGTAGAGATTGTATCTATCATACCACACCAGCATTGAT
AGTTCCAAAATCTCTGGTGAATGTCCACTCCTGTGAGGTAAAGCATTCAAGCTACCCAAT
CCAACTAATTTATTAGAAGAGGTCCTTATTATAAAAAAAACATCTGCAG
Primers used for PCR KR07 - 8474, show primer details
   
Sequence Name 31-K030601-022-655-A05C-ORIL
GenBank Accession LN500038 [GenBank]
Sequencing primer gene specific primer, ORIL: unknown
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>31-K030601-022-655-A05C-ORIL
ATTTAAATTGAATGTCGGATTTGGAACCAGTATGGGATGCCTGTCTCAGCCACGGCTTCC
AGCCTCTCCTCCCTTCCACATCATTAAAACTCCAACCTTGGAAGAATTTTAGGAGAAATG
AGAGCGACACGCTCTGTGCTTCTTTTCCTTATGATCCAGCTCTTCCACGCACAAATGAAC
TATGAAACATATATAAAGCGCACACATATATTTATGCATATCAAGCTTTTGGTGATTATG
GTATTGATAGAGTCAAATTAAGCTCGGTGACTATGGTATTAATAAGAGTACTATTTCCTT
TTCTCTTTGTGAACTAAGAAACATATATATATAAAGCAAACATGTTCCAGAATATCTAAG
TTTTTCTTCTCCCACTCCTAGACTTTATAGTTCTACAAAATTTAAGTAGCATAGAACATA
GCATTTGGATCGCTT
   
Sequence Name 70-K030601-022-655-A05C-KR07
GenBank Accession queueing for submission to ENA/GenBank
Sequencing primer gene specific primer, KR07: 5'-CCTAGTAATAGCATCAAGCGATCC-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>70-K030601-022-655-A05C-KR07
CAGCGTTATTATAAAATGAAAGTACATTTTGATAAAACGACAAATTACGATCCGTCGTAT
TTATAGGCGAAAGCAATAAACAAATTATTCTAATTCGGAAATCTTTATTTCGACGT
Primers used for PCR 45wl - 8474, show primer details
   
Sequence Name 51-K118414-0022-655-A05C-45wl
GenBank Accession LN507639 [GenBank]
Sequencing primer gene specific primer, 45wl: 5'-AACGATTTCACAAAGAGTTGTCCT-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>51-K118414-0022-655-A05C-45wl
TTAATTTTTACCTTGTTTTATTTATAAAAAATGTTTTTAAATTCTATTTTTATATTACTA
TTAAAAATTATAAAGTTTCGTTTTTGATAAATGTTAATTTTTTAAATTTTGTGTAACTTA
ATTGGACATAACATCCAAACCCCAAAAAGGTGTCTTAGGTTCAATACGGTTTACACATTT
TTTTAATTTTAACACTTGTTTTTATTGTTTTTAAAATTATATTTTTATATTTCTATTAGG
TTTTGTTTTTGATAAGTGTTAAATTTTTAAATTTCATGAATTTATTCGTAACTTCATATT
TTTATTTACATAATTATTTTTTAAATAGTACATTATCACTAATTTAATTATTTGTTAGTT
TATTTAAGAAAACCAATAAATAATTTAAAAAACGGTGGTGGTATCCGTTTTGCCCGGCTC
TAGCCACTGTGTATGAGAACTAACTACTAACTAACACCAATCAATGTATTCAAAACGGTT
ATTGACCACCAAATGATTTGAATAAGATAGGTGTTTCTCCTATAAGTGATGAGAGACCAT
TTGAATTGTCCTAGTAATAGCATCAAGCGATCCAAATGCTATGTTCTATGCTACTTAAAT
TTTGTAGAACTATAAAGTCTAGGAGTGGGAGAAGAAAAACTTAGATATTCTGGAACATGT
TTGCTTTATATATATATGTTTCTTAGTTCACAAAGAGAAAAGGAAATAGTACTCTTATTA
ATACCATAGTCACCGAGCTTAATTTGACTCTATCAATACCATAATCACCAAAAGCTTGAT
ATGCATAAATATATGTGTGCGCTTTATATATGTTTCATAGTTCATTTGTGCGTGGAAGAG
CTGGATCATAAGGAAAAGAAGCACAGAGCGTGTCGCTCTCATTCTCCTAAAATCTTCCCA
GGTTGGAGTTTTAATGATGTGGAA
   
Sequence Name 03-K118413-0022-655-A05C-8409
GenBank Accession LN487683 [GenBank]
Sequencing primer T-DNA primer, 8409: 5'-ATATTGACCATCATACTCATTGC-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>03-K118413-0022-655-A05C-8409
ATTTCATTGAATGTCGGATTTGGACCAAGTATGGGAAGCCTGTCTCAGCCACGGCTTCCA
GCCTCTCCTCCTTCCACATCATTAAAACTCCAACCTTGGAAGATTTTAGGAGAATGAGAG
CGACACGCTCTGTGCTTCTTTTCCTTATGATCCAGCTCTTCCACGCACAAATGAACTATG
AAACATATATAAAGCGCACACATATATTTATGCATATCAAGCTTTTGGTGATTATGGTAT
TGATAGAGTCAAATTAAGCTCGGTGACTATGGTATTAATAAGAGTACTATTTCCTTTTCT
CTTTGTGAACTAAGAAACATATATATATAAAGCAAACATGTTCCAGAATATCTAAGTTTT
TCTTCTCCCACTCCTAGACTTTATAGTTCTACAAAATTTAAGTAGCATAGAACATAGCAT
TTGGATCGCTTGATGCTATTACTAGGACAATTCAAATGGTCTCTCATCACTTATAGGAGA
AACACCTATCTTATTCAAATCATTTGGTGGTCAATAACCGTTTTGAATACATTGATTGGT
GTTAGTTAGTAGTTAGTTCTCATACACAGTGGCTAGAGCCGGGCAAAACGGATACCACCA
CCGTTTTTTAAATTATTTATTGGTTTTCTTAAATAAACTAACAAATAATTAAATTAGTGA
TAATGTACTATTTAAAAAATAATTATGTAAATAAAAATATGAAGTTACGAATAAATTCAT
GAAATTTAAAAATTTAACACTTATCAAAAACAAAACCTAATAGAAATATAAAAATATAAT
TTTAAAAACAATAAAAACAAGTGTTAAAATTAAAAAAATGTGTAAACCGTATTGAACCTA
AGACACCTTTTTGGGGTTTGGATGTTATGTCCAATTAAGTTACACAAAATTTAAAAAATT
NACATTTTATCAAAACGAAACTTTATAATTTTTTATAGTAATATAAAAATAGAATTTTAA
AACATTTTTTAATAAATAAAAACAGTGTTAAAATTTAATTATGAG

Last Updated on 06.12.2018 16:11