Sequences from confirmation amplicon


Confirmation sequences for line 085D09 and hit At5g14750 are shown.
Line ID 085D09
Locus At5g14750 [Araport] [TAIR] [MIPS] [SIGnAL]
Deduced position of insertion Chr5:4763755
Primers used for PCR AB83 - 8474, show primer details
   
Sequence Name 18-K014582-022-085-D09C-8409
GenBank Accession LN494088 [GenBank]
Sequencing primer T-DNA primer, 8409: 5'-ATATTGACCATCATACTCATTGC-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>18-K014582-022-085-D09C-8409
CTGTAGATTTCCCGTACATGAAGCCATTTACAATTGAATATATCCTGAATTTCATCAAGG
AAGTTCACTTTGGGTTCATGAGGATGAGTTTGAGCTTAGCACACTCACCAACATGATGGA
CTTTATAGATGGACACTGTTTTTGATGTGTTTTCTGCTTTTGTTATTTTAGTATTCGTTT
ATGTTTTGTTATTTTCAAAGCTGATCAAACACTAATACATCAACAGTCTTAGATTAAAAG
TTGTTGATGTGGTAGTGTATGATTGGCTAAGTCTATTAATTAGGTGAACTTTCTTGGGTT
AACTCTAATGTATATGCTTAAAAACTCTATATGCATCGATTAATGTTTTAAATGTTTCTT
CAATTTCTTCCTAAGCAAAATTTTGGATTTTCTTTTGTGAATTGTTCATATAATCTTATT
AAATGTTGGTTCAAGATATAAGCTAAAATTAAAAGAGTCGAACGATAACGGTAGGTTAGA
AGGAGTATAGNTTATTTTTATTTTTATTTTACTTTGAGACGTACGTCCCTTAATTAATCT
TCAAATTTGAAAAGAAGAAATTTCCAATTAAGTGGATACTACTACGTACCTTTTTGTCAA
CTAAATTTCGATTGTAGTTAAAACGATGCTAATGTGTATGTAAACGAGAAATTAGACAGA
AACCTTGATTGCCCTGGCGAGTTTACTTGAAACGAACAAAATTAATACTAGTCAGACAAT
ATAATGGGTCAAATTGTCACACTTCCCTAAAAAATTCTATAAATTGCTATGACAAAGCTG
TCCCCCTT
   
Sequence Name 19-K014582-022-085-D09C-6801
GenBank Accession LN494537 [GenBank]
Sequencing primer gene specific primer, 6801: unknown
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>19-K014582-022-085-D09C-6801
TATAAATTTTATTTATTTGTCAAACGAAAATTTGAGAAATGGAAATGTTATTTTGCTATT
TTCATTGAATGTTGCGTTGTACTATCTATATTAAAAATGTTAAAACCGTTTGTCTTGATT
AGAGATATGGCTACTATAGTATACATTAAGATTGATACTAACCTCTTCATTTCCATTATA
CTTATACATGACCAACATGTCCCCATGTCGATAATCGAAAACCTTCCTTTAGAATTAGAA
TATATATACTACTATAGTTTCATGCATTGTATATAACTGTCTGAGCAATTATAATCAAGG
AAGGAGTGGGGGACAAGCTTTCAAAGAACATATTAAAAACCAAAGACACAGAACATAAAT
TAAACTATTAAGAAGGGGGACAGCTTTGTCATAGCAATTTATAGAATTTTTTAGGGAAGT
GTGACAATTTGACCCATTATATTGTCTGACTAGTATTAATTTTGTTCGTTTCAAGTAAAC
TCGCCAGGGCAATCAAGGTTTCTGTCTAATTTCTCGTTTACATACACATTAGCATCGTTT
TAACTACAATCGAAATTTAGTTGACAAAAAGGTACGTAGTAGTATCCACTTAATTGGAAA
TTTCTTCTTTTCAAATTTGAAGATTAATTAAGGGACGTACGTCTCAAAGTAAAATAAAAA
TAAAAATAAACTATACTCCTTCTAACCTACCGTTATCGTTCGACTCTTTTAAT
Primers used for PCR 49wr - 3144, show primer details
   
Sequence Name 17-K118567-0022-085-D09C-49wr
GenBank Accession LN494069 [GenBank]
Sequencing primer gene specific primer, 49wr: 5'-CATATATCGCAAAAGCAACTTGAA-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>17-K118567-0022-085-D09C-49wr
TTATTTTTATGAATTAAGGTCCTCAGTTAAATAATTGTATATGTGTGTTAGGTTTAAAGA
GATGTGGAAAGAGTTGTAGATTGAGGTGGATGAATTATCTCAGCCCTAATGTGAAAAGAG
GCAATTTCACCGAGCAAGAAGAGGATCTTATCATTAGGCTCCACAAGTTGCTTGGTAATA
GGTATAACTTCATTTGCTCAAAATTAGTTTCTCTACTCAATTAATCATAAAAACAGCTAT
TTCTATCCATTTTGTATCAAGTTAAATAATCATAAATATTCGTGATTGTCTTCACAAACT
TGCTTGGTAACACATGTTTTTATTCTCAAAATTTCAATACATTATATTTCACATGATAAT
TATATTGTTTATCTGTGTGTTTAATTAGGTGGTCTTTAATTGCTAAAAGAGTGCCGGGTC
GAACGGATAATCAAGTGAAGAACTATTGGAACACGCATCTTAGTAAGAAACTCGGAATCA
AAGATCAGAAAACCAAACAGAGCAATGGTGATATTGTTTATCAAATCAATCTCCCGAATC
CTACCGAAACATCAGAAGAAACGAAAATCTCGAATATTGTCGATAACAATAATATCCTCG
GAGATGAAATTCAAGAAGATCATCAATAAACCGAAGGCGGGAAACGACAATCTGATCCCC
GGGTACCCTGTCCTCTCCAAATGAAATGAACTTCCTTATATAGAGGAAGGGTCTTGCGAA
GGATAGTGGGATTGTGCGTCATCCCTTACGTCAGTGGAGATA
   
Sequence Name 01-K118566-0022-085-D09C-35St
GenBank Accession LN486788 [GenBank]
Sequencing primer T-DNA primer, 35St: 5'-GTGGATTGATGTGATATCTCC-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>01-K118566-0022-085-D09C-35St
TTCGCAGACCCTTCCTCTATATAGGAAGTTCATTTCATTTGGAGAGGACAGGGTACCCGG
GGATCAGATTGTCGTTTCCCGCCTTCGGTTTATTGATGATCTTCTTGAATTTCATCTCCG
AGGATATTATTGTTATCGACAATATTCGAGATTTTCGTTTCTTCTGATGTTTCGGTAGGA
TTCGGGAGATTGATTTGATAAACAATATCACCATTGCTCTGTTTGGTTTTCTGATCTTTG
ATTCCGAGTTTCTTACTAAGATGCGTGTTCCAATAGTTCTTCACTTGATTATCCGTTCGA
CCCGGCACTCTTTTAGCAATTAAAGACCACCTAATTAAACACACAGATAAACAATATAAT
TATCATGTGAAATATAATGTATTGAAATTTTGAGAATAAAAACATGTGTTACCAAGCAAG
TTTGTGAAGACAATCACGAATATTTATGATTATTTAACTTGATACAAAATGGATAGAAAT
AGCTGTTTTTATGATTAATTGAGTAGAGAAACTAATTTTGAGCAAATGAAGTTATACCTA
TTACCAAGCAACTTGTGGAGCCTAATGATAAGATCCTCTTCTTGCTCGGTGAAATTGCCT
CTTTTCACATTAGGGCTGAGATAATTCATCCACCTCAATCTACAACTCTNTCCACATCTC
TNTAAACCTAACACACATATACNATTATNTAACTGAGGACCTTAATTCATAAAAATAAAA
ACAACAAAAAGGTGACCCTAGATNAATATCCTNGATTCAGTT

Last Updated on 06.12.2018 16:11