Sequences from confirmation amplicon


Confirmation sequences for line 580F04 and hit At5g43518 are shown.
Line ID 580F04
Locus At5g43518 [Araport] [TAIR] [MIPS] [SIGnAL]
Deduced position of insertion Chr5:17484800
Primers used for PCR KN69 - 8474, show primer details
   
Sequence Name 05-K103735-0022-580-F04C-KN69
GenBank Accession LN488321 [GenBank]
Sequencing primer gene specific primer, KN69: 5'-GCGAAATATGGTTTCCAAAAATAA-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>05-K103735-0022-580-F04C-KN69
TCTTTCTTGTTTGGTTCTTGTTATTTGTGTGGATTTAATCATAAACACTCGTGTGTAAGT
TGTTTATTTTGCAATATGAAGAAGAAGAAAAAATTTAAGTTGATTTGAAGATTTGTTTTC
TTTCATTTTCTCTATCGTAACTCGGAAGAGGTTTAGGTAAATATGTAACATAATCAAACA
TATTGGAACCTTATTTATCTAGAGATGTGACGGTGATTAAAAACTTTGACCCTTTAAAAA
ACTTTCAAACCCGTATTTTATATAATAAAATAGATTTACAGTATAGATGAGCAAAATAAA
TTTGTTTAAATGTAAAATGTTTAGAAAAAAACTAACAGTTTCCTTGATTATAATGAATAA
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ATTCGCAGCCAGGATATATTCAATTGTAAATGGCTTCATGTCCGGGAAATCTACATGGAT
CAGCAATGAGTATGATGGTCAATATGGAGAAAAAGAAAGAGTAATTACCAATTTTTTTTC
AATTCAAAAATGTAGATGTCCG
   
Sequence Name 21-K103736-0022-580-F04C-8409
GenBank Accession LN495628 [GenBank]
Sequencing primer T-DNA primer, 8409: 5'-ATATTGACCATCATACTCATTGC-3'
Sequence (A. th genome BLAST matches underlined) 
>21-K103736-0022-580-F04C-8409
GCCATTTACAATTGAATATATCCTGGCTGCGAATATTGCTGTTTAATGTTCATTAAATCC
AAAGCCATTGGACATGTAGTTTTGAAGGCATTGTAACTTTGTTAAACATTAATAATAATA
AAAAATANNTTGCTGTTTAATGTTCATCCATGTCCTTCTTTTTACANATAATGAACATNG
TATAATANATCTAACANGTTTTGTANGTGTGCATTAAACATGANAATTTATTGNGGAAAC
ATAANGTCCTTGACAAATAAAAAAATATTTNTTGAAAAATTAANACTTATTCATTATAAT
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GTTNNACGATAGAGNNAAAATGAAAGAAAANNACAAATCTTCAANNATCAACTTNNAAAT
TTTTCTCTCTCTTCTTCANNTATTGCAAAATAAACA

Last Updated on 06.12.2018 16:11